Bệnh thối thân do nấm Phythophthora rất phổ biến. Bệnh làm đỉnh sinh trưởng và thân bị thối đen, lây lan rất nhanh trong hồ, triệu chứng ban đầu là lá bị vàng úa cả lá, sau đó khô đi rất nhanh. Mô bị thối đen, bầy nhầy có mùi thối ngay cả rễ vẫn phát triển tốt. Khi hồ bị bệnh, nhổ các sen mắc bệnh đem đốt, hạ mực nước và bón sulphat đồng. Nếu bệnh vẫn tiếp tục lây lan phải khử trùng cả hồ bằng sodium hypochloride.